DCL — Plateforme de calibration

Data Calibration for Laboratory

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Cahier de laboratoire

Inventaire

Échantillons, étalons, réactifs et matériel — cloisonné par organisation.

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Modes opératoires (SOP) réutilisables — cloisonné par organisation.

Protocoles

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Réactifs et consommables : niveaux de stock, seuils d'alerte et réapprovisionnement.

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Tous les fichiers et images joints aux expériences, rassemblés en un seul endroit.

Redigez vos fiches de manipulation et retrouvez-les a tout moment. Mise en forme Markdown : **gras** , *italique* , listes avec - ou 1. , titres avec ## .

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Reactifs & materiel

Mode operatoire

Observations

Resultats / conclusion

Prepare une gamme d'etalonnage entre deux concentrations et calcule, pour chaque etalon, le volume de solution mere et de diluant (dilution directe).

Parametres

Concentration solution mere

Unite

Cible min

Cible max

Nombre d'etalons

Espacement

Volume final / etalon

Unite

Volume mere minimal pipettable

Gamme generee CSV

Collez vos points (une ligne par etalon : concentration puis signal), et l'outil trace la droite d'etalonnage avec l'equation, le R² et les LOD/LOQ.

Donnees

Points (x puis y ; tab, ; ou espace)

Axe X (titre)

Axe Y (titre)

Forcer la droite par l'origine (0,0)

Droite d'etalonnage CSV

Inventaire

Échantillons, étalons, réactifs et matériel — cloisonné par organisation.

Articles

Estimez le cout d'une serie d'analyses. Editez les postes directement dans le tableau (double-clic sur une cellule), puis ajustez le nombre d'echantillons.

Postes de cout

Cout d'un poste par analyse = cout unitaire × quantite par analyse.

Nombre d'echantillons

Replicats / echantillon

Frais generaux (%)

Monnaie

Resultat CSV

Consignez les reglages de vos instruments sous forme de profils reutilisables (par technique). Editez les parametres dans le tableau (double-clic).

Exporter (CSV)

Mes profils

Nom du profil

Technique

Operateur

Notes

Parametres

Calculs de chimie : masse molaire d'une formule, masse a peser pour preparer une solution, et equilibrage d'equations.

Masse molaire & preparation
Equilibrage d'equation

Masse molaire

Formule chimique

Parentheses et hydrates (· ou .) acceptes.

Preparation de solution

Pour la formule saisie a gauche.

Concentration cible

Unite

Volume a preparer

Unite

Purete du produit (%)

Equilibrer une equation

Equation (reactifs -> produits)

Separez par + et utilisez -> (ou =). Les eventuels coefficients saisis sont ignores.

Configuration

Votre compte, votre organisation et l'état du cahier de laboratoire.

Sections

Gestionnaire d'équipe

Modules

Performances

Spectres (.dx)

Fichier .dx

Parametres machine (IQX .xlsx)

Fichier .xlsx

References MP-AES (.xlsx)

Fichier .xlsx

Etat de la banque

Mesures en banque

Template d'analyse

Echantillons (banque)

Motif du nom :

Periode :

Predictions du modele

References MP-AES

Bilan par element

Modele applique a la banque

Groupe A (reference)

Motif du nom :

Periode :

Groupe B (a comparer)

Motif du nom :

Periode :

Parametres a comparer

Superposer (echelle normalisee)

Limites (graphe superpose)

Recapitulatif A / B

Croisement de deux parametres

Axe X :

Axe Y :

Donnees a suivre

Groupes (un motif par ligne) :

Source :

Periode :

Limites hautes / basses (+/- 3 sigma)

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Calibrations

Choisissez un module

Analyses de routine

Importez vos spectres de routine et evaluez les concentrations.

Dossier

Cliquez un projet pour l'ouvrir. Selectionnez-le puis utilisez Deplacer ou Supprimer.

Echantillons

Summary - spectres

Distribution

Statistiques par logical set (Training / Validation / All).

Donnees brutes Cochez plusieurs lignes -> marquer/demarquer outliers

Parametres PCA

Composantes :

Pretraitement :

Seuil Global H :

Seuil RMX :

Selection a la souris

Outil lasso/rectangle sur le graphe Scores, puis :

Scores (PC1 vs PC2) - selectionnez au lasso

Loadings

Global H

Residus (RMX)

Wavelength (intervalles)

Analyse de correlation
Selection (intervalles)

Lancer l'analyse

Finesse (nb d'intervalles) :

Conseil : 20-30 suffit en general. Une finesse elevee ameliore le R2cv mais risque le surajustement (verifiez le R2val dans Models).

Intervalles candidats (exhaustif) :

Repere les meilleures zones de longueurs d'onde et teste toutes les combinaisons des K meilleurs intervalles. Le pretraitement optimal sera choisi ensuite dans Models.

Intervalles classes (cocher pour selectionner)

Combinaison recommandee

Profil de correlation (longueur d'onde / concentration)

Historique des analyses

Ajouter un intervalle

Debut (nm)

Fin (nm)

Pas (nm)

Intervalles selectionnes pour ce parametre

Apercu des intervalles sur un spectre

Modeles

Vue d'ensemble des modeles

Detail par modele

Mode Expert

Methode :

Univariee

PLS

mPLS

Reseau de neurones

Validation croisee :

Plis (CV) :

Mode Auto

Recherche exhaustive : teste chaque methode (PLS, mPLS, Univarie, ANN) avec chaque pretraitement et ses parametres , chaque combinaison d'intervalles (definis dans Wavelength), et chaque validation croisee . Classement par RMSECV. Peut prendre plusieurs minutes mais donne le modele optimal.

Composantes max a tester :

Historique des recherches

Modeles du projet

Scores (PLS #1 vs #2)

Residus

Loadings

RMSECV vs facteurs

Measured vs Predicted

Global H

VIP (importance des longueurs d'onde)

Prediction

Jeu a predire :

Validation

Training

Tous

Compare les valeurs predites aux references sur le jeu choisi.

Measured vs Predicted

Predicted vs index

Publication

Modele a publier

Format d'export

Protected PM (.ppm) — structure FOSS

Coefficients (.csv)

Modele R (.rds)

Le .ppm reproduit la structure ZIP+XML avec empreintes SHA1, mais ne peut pas etre signe par la cle privee FOSS. A tester sur votre appareil.

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Apercu du contenu

Module en construction. Le retraitement de chromatogrammes (detection + integration + quantification) est en cours de developpement. Cette page demontre la chaine sur un chromatogramme CSV ou de demonstration. Voir l'onglet Guide / Workflow .

Analyse de routine - chromatographie

Exporter les pics (CSV)

Chromatogramme

Fichier CSV (temps ; intensite) :

Parcourir

Une trace : 1re colonne = temps de retention, 2e = intensite. Import .cdf (netCDF) supporte ; Agilent .D via chromConverter (cote serveur).

Parametres d'integration

Lissage (points) :

Seuil de detection (x bruit) :

Largeur min. d'un pic (points) :

Fenetre ligne de base (points) :

Chromatogramme et pics detectes

Pics integres

Standard interne & alignement. Etalonnage par standard interne (ratio aire analyte / aire IS) et demonstration de l'alignement des temps de retention entre chromatogrammes.

Etalonnage par standard interne

Saisissez les etalons (double-clic pour editer). Reponse = aire analyte / aire IS.

Forcer par l'origine

Quantifier un echantillon inconnu

Aire de l'analyte

Aire du standard interne

Alignement des temps de retention

Chromatogrammes de demonstration legerement decales. L'alignement recale chaque trace sur la premiere.

Decalage maximal (points) :

En construction : on pose ici la definition d'une methode (composes cibles + etalonnage). A terme, ces methodes seront enregistrees et appliquees automatiquement en routine, comme les modeles du module spectral.

Methodes & composes

Composes cibles

Chaque compose est repere par son temps de retention (RT) attendu et une fenetre de tolerance. En routine, le pic le plus proche dans la fenetre est integre.

Nom

RT (min)

Fenetre

Courbe d'etalonnage (demo)

Saisissez les standards (concentration et aire mesuree), un par ligne : concentration ; aire .

Modele

Ponderation

Passe par 0

Guide - Calibrations chromatographiques

A quoi sert ce module

Ce module retraite automatiquement les chromatogrammes issus de GC-MS, LC-MS et HPLC (instruments Agilent en particulier) pour en extraire des concentrations fiables, sur le meme principe que le module de calibrations spectrales :

Detection et integration des pics : ligne de base, detection des pics au-dessus du bruit, integration de l'aire.
Identification des composes : association de chaque pic a un compose cible via son temps de retention.
Quantification : courbe d'etalonnage (externe ou interne) reliant l'aire a la concentration.
Controle qualite : derive du temps de retention, recuperation de l'etalon interne, cartes de controle.

Le workflow envisage

Projects - une unite de travail (partagee avec le reste de la plateforme).
Chromatogrammes - import des donnees brutes (CSV aujourd'hui ; dossiers Agilent .D et fichiers .cdf/mzML a venir) + concentrations de reference des standards.
Composes / Pics - definition des composes cibles : temps de retention attendu, fenetre, ion quantifieur (pour la MS), etalon interne.
Methode d'integration - choix de la ligne de base, du seuil de detection, de l'alignement des temps de retention.
Etalonnage - courbe lineaire ou quadratique, ponderation 1/x ou 1/x2, etalonnage externe ou interne.
Performances - R2 de la droite, residus, %RSD, LOD/LOQ, cartes de controle.
Publish - export de la methode (composes + fenetres + coefficients) reutilisable.
Analyse de routine - application automatique de la methode aux nouvelles injections : detection, integration, quantification, controle qualite, rapport.

Ce decoupage reprend volontairement celui du module spectral (intervalles -> composes, pretraitement -> ligne de base/integration, PLS -> courbe d'etalonnage, Global H -> controle qualite), pour une prise en main coherente.

Approche technique (references)

Methodes retenues d'apres la litterature sur le retraitement automatique GC-MS / LC-MS :

Detection de pics robuste par transformee en ondelettes continue (CWT) - amelioration prevue par rapport a la detection par derivee actuelle.
Correction de ligne de base (asymmetric least squares) et estimation du rapport signal/bruit pour fixer les bornes d'integration.
Correction de la derive des temps de retention entre injections (alignement par programmation dynamique).
Controle qualite assiste : un score de qualite des pics route automatiquement vers une verification humaine les cas douteux (~15% en routine).
Lecture des formats Agilent : dossiers .D (ChemStation / MassHunter) via le package R chromConverter, ou conversion en .cdf (ANDI/AIA) / mzML.

Packages R candidats pour le VPS : chromConverter (import Agilent/.D), MassSpecWavelet (CWT), xcms (pipeline complet GC/LC-MS).

Etat d'avancement

Fait : algorithmes de base (ligne de base, detection, integration, courbe d'etalonnage lineaire/quadratique ponderee), import CSV, demonstration interactive.
En cours : definition et enregistrement des methodes, association composes/pics persistante.
A venir : import Agilent .D/.cdf, alignement des temps de retention, etalonnage interne, routine complete + rapports, cartes de controle.